褐腐病菌幼时即被感染，不能鉴别。后期会形成不规则的灰白色“疙瘩头”，如拳头状极粗的疙瘩，或难以分辨的菌柄疙瘩等，表面有生长物。一层“白发”，温度在20以上时，病菇4-5天颜色变黑，然后腐烂，渗出褐色酱油状汁液，腐烂发臭；如果棚内温度低于20，这个过程就会变长，大约需要7天或更长时间。若子实体在生长中期被感染，菌盖表面出现褐色病斑，菌柄粗肥，随后菌体变软，还会渗出深褐色的液滴.病菇剖开时，内部组织由白色变为黑白色，菇体变软腐烂后，变成黑褐色，散发恶臭。主要是病菌孢子通过空气、人为、工具等渠道传播所致。防治措施：清理环境卫生。去年染病的老菇棚再利用前，可先去掉一层墙皮，然后堆上稻草放火，然后再次封棚，喷一次多菌灵溶液。米菇棚用50%多菌灵纯粉1公斤，均匀喷水80公斤左右，炖棚2天后即可使用。当温度低于13时，能抑制病菌的危害。将材料表面刮去0.20.3厘米厚，在地毯上喷洒70100倍的白地石去无精液，可有效抑制或杀灭某些致病菌。也可以采取预防措施。菌袋入棚后或播种后喷100-150倍白病祛毒精液，待出菇前加强一次。发病初期可喷2次，效果很好。早期发生褐斑病时，菇原基可变形。侵染幼菇时，菌柄或基部可出现褐色条纹，菌盖上布满褐色斑点。病菇向一侧生长。将病菇切开观察，内部组织呈黄褐色，干燥疏松，菇体不腐烂，无异味。该病发病初期可能因残留在土壤中并漂浮在空气中的致病孢子萌发，发病后迅速传播是通过人体、工具、昆虫，甚至喷水时溅水传播。防治措施：菇棚的处理可参照褐腐病。双孢蘑菇的生产提倡二次发酵技术；覆土材料应进行常规灭菌处理；菌袋入棚或鸡腿菇、双孢蘑菇覆土后，地毯喷药150倍，病害全除。发病初期，连续喷药100次，2次以上病不见踪影；为害严重时，将病菇全部清理干净，停水，通风晾干，烧掉病菇，清理料面，涂漆50遍，病无痕；清洁所有可能携带细菌的工具和材料均用600倍多菌灵溶液清洗。软腐病，又称霜霉病等。发病后菇床长满灰白色的病原菌菌丝，变为深灰绿色或深褐色。食用菌的菌丝因缺氧和病菌分泌物侵染而失去活力。出菇困难，病害严重前出现的子实体先从基部发育，向上延伸至菌盖。菌盖初出现大小不等的淡褐色水浸点，后被病菌覆盖。死亡，最后腐烂，一触即溃。其病原菌通过土壤物质、水、昆虫、人体和空气流动传播。防治措施：菇棚处理见上。加强菇棚通风条件的改善，尽量减少菌床或菌壁表面湿度，特别是人工喷水后，要及时通风；将基料的PH值调到7左右，耐碱品种可调到7。 9个左右；发病初期，菌床表面可见菌丝时，可喷全病100倍液。去除病菇，清理料面和覆土材料。喷完白病祛毒净100倍后，换上处理过的新土料，再喷白病祛毒净液150倍液，可以预防病害的发生。锈斑病引起的症状是在瓶盖表面形成圆形或椭圆形的锈色斑点。斑点边缘整齐，中间凹陷。很少有疾病，基本上不会感染鳃部。
本病为细菌性疾病。各种原辅材料、覆土材料、水中都潜伏着病菌。当气温在15以上，空气湿度大于85%时，病菌极为活跃。携带等途径更易诱发本病，尤其是在湿度大、通风不良的情况下。
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